京都大学是继东京大学之后成立的日本第二所国立大学。1892年，23位国会议员在向国会提出的一个议案中提出，日本仅有一所东京国立大学，缺乏竞争，对办学和学生的培养都不利，建议在当时的西京-京都建一所大学，1897年议案被通过，大学得以诞生，当时定名为京都帝国大学。初建时整个大学只有一个理工科分科大学，共有6个专业21个讲座，学生不到500人，木下广次为首任校长。数年之后，又增设了法科、医科、文科等3所分科大学，这时全校已有5个分科大学。这样，京都大学就成了在日本仅次于东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。

日本国立综合性大学，建于1897年。该校强调“自重自敬，自主独立”的办学方针，并以注重学问的自由研究而著称。该校设有大学本科和研究生院。大学本科有:文、法、理、医、药、工、农、教育、经济、教养等学部。研究生院有文学、教育学、法学、经济学、理学、医学、药学、工学、农学等研究科，除医学研究科只设博士课程外,其余8个研究科既设硕士课程又设博士课程。该校还设有原子能研究所、基础物理学研究所、原子反应堆实验所、灵长类研究所、人文科学研究所等。其中人文科学研究所以继承内滕湖南“中国学”学派传统，从事独特的文化研究而驰名于世界。此外，还设有回旋装置核聚变研究中心、放射性同位素综合中心、环境保护中心、东南亚研究中心、大型计算机中心等科学研究机构。京都大学是一所国立大学，基本上由国家拨款，办学经费充足，自创收入亦很可观。

京都大学实行校长、学部长负责制和评议会、教授会参政相互结合的管理运行体制。学部长（与之同级的还有研究所长、教养学部长、图书馆长、中心主任、行政机关部局长）以及各学部的教授会成员都由所在单位的教职工从教授中选出，他们还可出任学校有关委员会成员，如评议会等。各学部及相关机构的教学、研究、行政事务由学部长会同教授会共同管理，以学校的有关法律规章为据，他们可以独立地开展工作。学校的领导机构有下面几部分：校长，学校法人代表，由各学部的教授会选举产生，任期4年，连任累计最多不超过6年，主要通过下属的行政辅助机构及各部局长会议，对学校进行行政管理。京大的校长已历21届，现任校长为西岛安则。评议会由各学部长、研究所长等及各部的两名教授代表组成，会长由校长兼任。主要任务是审议学校财政预算，制定大政方针、规章制度，讨论院系设置，教学科研和对外交流等学校重大办学事务。研究生院审议会，有学部长、研究所长、部分中心主任、各研究科主任等组成，审议全校研究生教育中有关重大事项。此外还有专门委员会即某方面的工作委员会，如学生部、国际交流、基础教育、保健等。